Za obavljanje poslova iz djelokruga Ministarstva ustrojavaju se sljedeće ustrojstvene jedinice:
- Kabinet ministra
- Glavno tajništvo
- Samostalna služba za vojni zračni i pomorski promet
- Samostalna služba za odnose s javnošću i izdavaštvo
- Samostalni sektor za postupke javne nabave
- Samostalni sektor za informacijske i komunikacijske sustave
- Samostalni sektor za vojnopolicijske poslove
- Uprava za obrambenu politiku
- Uprava za ljudske potencijale
- Uprava za materijalne resurse
- Uprava za proračun i financije
- Samostalna služba za upravljanje projektima
- Inspektorat obrane
- Vojnostegovni sud
- Samostalna služba za unutarnju reviziju
- Samostalni odjel za protokol
- Samostalni odjel za potporu Vojnom ordinarijatu u Republici Hrvatskoj.
Uredba o unutarnjem ustrojstvu Ministarstva obrane (NN 2/17)
Uredba o izmjenama Uredbe o unutarnjem ustrojstvu Ministarstva obrane (NN 79/2019).